Визначення РНК Вірусу SARS-COV-2 якісно з визначенням штамів методом ПЛР REAL-TIME (RT) (британський штам, бразильський та південноафриканський)

Визначення РНК вірусу SARS-CoV-2 якісно з визначенням штамів методом ПЛР Real-Time (RT-PCR) є одним із основних способів виявлення наявності вірусу в організмі та визначення його штаму. Цей тест допомагає не тільки підтвердити факт інфікування SARS-CoV-2, але й дає можливість виявити специфічні варіанти вірусу (штами), що можуть мати особливості щодо трансмісивності, патогенності або резистентності до лікування.

Основні етапи методу ПЛР Real-Time для визначення РНК SARS-CoV-2 та його штамів:

1. Збір зразків:

   • Для проведення аналізу зазвичай збираються зразки з верхніх дихальних шляхів — мазок з носоглотки або ротоглотки. Можливо також взяття зразків з інших органів, якщо є підозра на локалізацію інфекції в інших ділянках.

2. Виділення РНК вірусу:

   • Зразки піддаються попередньому обробленню для виділення РНК SARS-CoV-2. Це важливий етап, оскільки тільки з виділеною РНК можна здійснювати подальше виявлення вірусних фрагментів.

3. Реакція полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР):

   • Після виділення РНК, здійснюється ампліфікація специфічних фрагментів геному SARS-CoV-2. У випадку Real-Time ПЛР, ампліфікація РНК відбувається в режимі реального часу, що дозволяє отримати результати тесту в значно більш короткий термін, ніж традиційні методи ПЛР.

4. Визначення штамів:

   • Для виявлення конкретних варіантів (штамів) SARS-CoV-2, таких як британський (Alpha), бразильський (Gamma) або південноафриканський (Beta) штам, застосовуються спеціальні праймери та зонда для ПЛР. Ці праймери орієнтовані на специфічні мутації в геномі вірусу, які характерні для кожного з варіантів.
     • Британський штам (Alpha): характеризується кількома мутаціями в гені шипового білка, зокрема в позиціях 501Y.
     • Бразильський штам (Gamma): має характерну мутацію E484K в шиповому білку, що може впливати на здатність вірусу нейтралізувати антитіла.
     • Південноафриканський штам (Beta): також має мутацію E484K і інші зміни в гені шипового білка.

5. Результати:

   • Тест дає два основних результати:
     • Позитивний результат: Виявлення РНК SARS-CoV-2 та (за наявності відповідних праймерів) вказівка на конкретний штам.
     • Негативний результат: Якщо РНК вірусу не виявлено, це може означати відсутність інфекції в момент проведення тесту.

Переваги методу ПЛР Real-Time з визначенням штамів:

• Висока чутливість і специфічність: Метод дозволяє виявити навіть невелику кількість вірусу в організмі.
• Швидкість: Завдяки реальному часу отримання результатів, можна оперативно реагувати на поточну ситуацію.
• Детальне визначення штаму: Це важливо для моніторингу циркуляції різних варіантів вірусу та їх можливого впливу на публічне здоров'я, а також для оцінки ефективності вакцин і терапевтичних засобів.

Нормативи та інтерпретація результатів:

• Позитивний результат вказує на наявність вірусу в зразку, але для точнішого визначення штаму можуть використовуватись додаткові методи, такі як секвенування геному або додаткові тестування на мутації.
• Негативний результат не виключає можливість інфекції, оскільки вірус може бути на ранній стадії інфекції або концентрація РНК може бути занадто низькою для виявлення.

Цей тест є важливим інструментом для моніторингу та контролю пандемії COVID-19, особливо у випадку нових, більш заразних або небезпечних варіантів вірусу.